阎王宝藏案尘埃落定后，梅雨墨登基为帝，白雪晴则远走京城。数年过去，一场诡异的瘟疫自阳城蔓延至京师，梅雨墨携侍卫佟安微服出巡查访疫情，途中遭遇黑店暗算，幸得东瀛少女晴明出手相救。与此同时，白雪晴与秦三川也重返京城暗中调查瘟疫源头。命运弄人，昔日的恋人竟在街角仓促重逢……而深宫之内，权倾朝野的六贝勒与仁贵妃正在暗中编织惊天阴谋。列强虎视眈眈，王朝危如累卵，在这部未删减的《大清神捕2》中，家国恩怨与帝国危机在瘟疫笼罩的京城交织成网，所有人都在迷雾中寻找最后的生机。